Torna il corso base di filogenesi molecolare organizzato dall’Associazione Gruppi Micologici Toscani – Gruppo di lavoro Erbario. Protagonisti i nostri soci Alessandra Matteini (curatrice dell’erbario e tutor del corso) e Alessio Pierotti (docente).
Anche quest’anno il corso si terrà in modalità on-line, tramite la piattaforma GoogleMeet, per consentire una più ampia partecipazione. Il corso sarà presentato in diretta Facebook sulla pagina dell’AGMT- Gruppo Erbario sabato 26 marzo pv, con inizio previsto alle ore 11.30. La registrazione della presentazione sarà caricata sul nostro canale YouTube.
SCOPO DEL CORSO – L’obiettivo è quello di fornire ai partecipanti gli strumenti per condurre in autonomia, partendo da una data sequenza, una analisi filogenetica basata sui metodi della maximum likelihood e dell”inferenza bayesiana. Al termine del corso ogni partecipante sarà in grado non soltanto di eseguire l’analisi ma anche ovviamente di interpretare gli alberi pubblicati nei vari lavori micologici e non solo.
SVOLGIMENTO DEL CORSO – Le lezioni sono sei e si terranno ogni lunedì a partire dal 2 maggio per sei settimane (ultima lezione 6 giugno) in orario 17.30-19.30. Come detto il corso sarà on-line. Al termine di ogni lezione sarà assegnata una esercitazione, verificata e commentata in apertura delle lezione successiva. Ogni lezione sarà registrata: la registrazione sarà resa disponibile per i partecipanti il giorno successivo. Per l’analisi filogenetica saranno utilizzati esclusivamente software open-source.
PROGRAMMA DIDATTICO – Lezione 1: introduzione al concetto di specie; principi della filogenesi molecolare; introduzione ai software utilizzati durante il corso – Lezione 2: dalla sequenza alla costruzione del dataset; introduzione al formato FASTA; utilizzo BLAST, GenBank, UNITE e Bold – Lezione 3: allineamento del dataset, editing e primo albero di prova; software e servizi online per la visualizzazione e l’editing degli alberi – Lezione 4: introduzione formato PHYLIP; analisi filogenetica tramite maximum likelihood con software RAxML con interfaccia grafica – Lezione 5: introduzione formato NEXUS for MrBayes; analisi filogenetica tramite inferenza bayesiana con software MrBayes; analisi combinata – Lezione 6: scrittura paragrafo “materiali e metodi”; considerazioni finali. In base all’andamento delle lezioni il programma può subire delle modifiche.
REQUISITI DI ACCESSO – Unico requisito è quello di avere un minimo di pratica con l’installazione dei software!
COSTI E ISCRIZIONE – Il corso ha un costo di euro 100 per soci di gruppi aderenti all’AGMT e euro 130 per gli esterni. In caso in cui sia richiesta la fattura deve essere aggiunto il valore dell’IVA (22%). Per l’iscrizione è necessario compilare il form sul sito AGMT (link).
Per ulteriori informazioni: erbario@agmtmicologia.org